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#$Date: 2026-04-28 00:55:50 +0200 (Tue, 28 Apr 2026) $
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# This file is available in the Crystallography Open Database (COD),
# http://www.crystallography.net/
#
# All data on this site have been placed in the public domain by the
# contributors.
#
data_7720929
loop_
_publ_author_name
'Svensson, Fredric G.'
'Greijer, Björn'
'Guerin, Timothe'
'Agback, Tatiana'
'Agback, Peter'
'Kessler, Vadim G.'
_publ_section_title
;
 Molecular mechanisms behind potential genotoxicity of metal oxide
 nanoparticles: nucleoside deglycosylation pathway
;
_journal_name_full               'Dalton Transactions'
_journal_paper_doi               10.1039/D6DT00402D
_journal_year                    2026
_chemical_absolute_configuration rm
_chemical_formula_sum            'C27 H42 N9 O55 P W12'
_chemical_formula_weight         3609.86
_space_group_crystal_system      orthorhombic
_space_group_IT_number           19
_space_group_name_Hall           'P 2ac 2ab'
_space_group_name_H-M_alt        'P 21 21 21'
_atom_sites_solution_hydrogens   geom
_audit_creation_method           SHELXL-2019/1
_audit_update_record
;
2026-02-10 deposited with the CCDC.	2026-04-27 downloaded from the CCDC.
;
_cell_angle_alpha                90
_cell_angle_beta                 90
_cell_angle_gamma                90
_cell_formula_units_Z            4
_cell_length_a                   13.5434(9)
_cell_length_b                   15.7745(11)
_cell_length_c                   29.268(2)
_cell_measurement_reflns_used    9952
_cell_measurement_temperature    295(2)
_cell_measurement_theta_max      32.82
_cell_measurement_theta_min      2.42
_cell_volume                     6252.8(7)
_computing_cell_refinement       'Bruker SAINT'
_computing_data_collection       'Bruker APEX2'
_computing_data_reduction        'Bruker SAINT'
_computing_molecular_graphics    'Bruker SHELXTL'
_computing_publication_material  'Bruker SHELXTL'
_computing_structure_refinement  'SHELXL-2019/1 (Sheldrick, 2019)'
_computing_structure_solution    'SHELXS-97 (Sheldrick 2008)'
_diffrn_ambient_temperature      295(2)
_diffrn_measured_fraction_theta_full 0.998
_diffrn_measured_fraction_theta_max 0.999
_diffrn_measurement_device_type  'Bruker D8 Quest ECO'
_diffrn_measurement_method       'Phi & omega scan'
_diffrn_radiation_type           MoK\a
_diffrn_radiation_wavelength     0.71073
_diffrn_reflns_av_R_equivalents  0.0574
_diffrn_reflns_av_unetI/netI     0.0471
_diffrn_reflns_Laue_measured_fraction_full 0.998
_diffrn_reflns_Laue_measured_fraction_max 0.999
_diffrn_reflns_limit_h_max       17
_diffrn_reflns_limit_h_min       -17
_diffrn_reflns_limit_k_max       20
_diffrn_reflns_limit_k_min       -20
_diffrn_reflns_limit_l_max       38
_diffrn_reflns_limit_l_min       -38
_diffrn_reflns_number            81473
_diffrn_reflns_point_group_measured_fraction_full 0.999
_diffrn_reflns_point_group_measured_fraction_max 0.999
_diffrn_reflns_theta_full        25.242
_diffrn_reflns_theta_max         28.000
_diffrn_reflns_theta_min         2.101
_diffrn_source                   'sealed tube'
_exptl_absorpt_coefficient_mu    22.128
_exptl_absorpt_correction_T_max  0.350
_exptl_absorpt_correction_T_min  0.076
_exptl_absorpt_correction_type   multi-scan
_exptl_absorpt_process_details   'Bruker SADABS'
_exptl_crystal_colour            yellow
_exptl_crystal_density_diffrn    3.835
_exptl_crystal_density_meas      ?
_exptl_crystal_density_method    'not measured'
_exptl_crystal_description       plate
_exptl_crystal_F_000             6440
_exptl_crystal_size_max          0.240
_exptl_crystal_size_mid          0.200
_exptl_crystal_size_min          0.060
_exptl_transmission_factor_max   0.350
_exptl_transmission_factor_min   0.076
_refine_diff_density_max         2.227
_refine_diff_density_min         -1.488
_refine_diff_density_rms         0.284
_refine_ls_abs_structure_details
;
 Flack x determined using 5954 quotients [(I+)-(I-)]/[(I+)+(I-)]
 (Parsons, Flack and Wagner, Acta Cryst. B69 (2013) 249-259).
;
_refine_ls_abs_structure_Flack   0.068(7)
_refine_ls_extinction_method     none
_refine_ls_goodness_of_fit_ref   1.148
_refine_ls_hydrogen_treatment    constr
_refine_ls_matrix_type           full
_refine_ls_number_parameters     937
_refine_ls_number_reflns         15084
_refine_ls_number_restraints     12
_refine_ls_restrained_S_all      1.148
_refine_ls_R_factor_all          0.0408
_refine_ls_R_factor_gt           0.0379
_refine_ls_shift/su_max          0.001
_refine_ls_shift/su_mean         0.000
_refine_ls_structure_factor_coef Fsqd
_refine_ls_weighting_details
'w=1/[σ²(Fo²)+(0.0211P)²+114.0692P] where P=(Fo²+2Fc²)/3'
_refine_ls_weighting_scheme      calc
_refine_ls_wR_factor_gt          0.0892
_refine_ls_wR_factor_ref         0.0901
_reflns_Friedel_coverage         0.828
_reflns_Friedel_fraction_full    0.999
_reflns_Friedel_fraction_max     0.999
_reflns_number_gt                14331
_reflns_number_total             15084
_reflns_threshold_expression     'I > 2σ(I)'
_cod_data_source_file            d6dt00402d2.cif
_cod_data_source_block           Cyt_PWN_20241213_0m_a
_cod_depositor_comments
;
The following automatic conversions were performed:

data item '_exptl_absorpt_correction_type' value 'Multi-scan' was
changed to 'multi-scan' in accordance with the
/home/data/users/saulius/crontab/automatic-downloads/rss-feeds/RSC/lib/dictionaries/cif_core.dic
dictionary named 'cif_core.dic' version 2.4.2 last updated on
2011-04-26.

data item '_exptl_crystal_density_meas' value 'not measured' was
changed to '?' -- the value is perceived as not measured.

Automatic conversion script
Id: cif_fix_values 8170 2020-07-09 18:12:32Z antanas 
;
_cod_original_cell_volume        6252.9(7)
_cod_database_code               7720929
_shelx_shelxl_version_number     2019/1
_shelx_space_group_comment
;
The symmetry employed for this shelxl refinement is uniquely defined
by the following loop, which should always be used as a source of
symmetry information in preference to the above space-group names.
They are only intended as comments.
;
_shelx_estimated_absorpt_t_min   0.076
_shelx_estimated_absorpt_t_max   0.350
_exptl_absorpt_special_details   'Bruker SADABS'
loop_
_space_group_symop_operation_xyz
'x, y, z'
'-x+1/2, -y, z+1/2'
'-x, y+1/2, -z+1/2'
'x+1/2, -y+1/2, -z'
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
_atom_site_site_symmetry_order
_atom_site_calc_flag
_atom_site_refinement_flags_posn
_atom_site_refinement_flags_adp
_atom_site_refinement_flags_occupancy
_atom_site_disorder_assembly
_atom_site_disorder_group
W1 W 0.98295(5) 0.03380(5) 0.65686(3) 0.02029(16) Uani 1 1 d . . . . .
W2 W 0.54974(5) -0.03140(5) 0.60467(3) 0.02030(16) Uani 1 1 d . . . . .
W3 W 0.73354(6) 0.15848(5) 0.49419(2) 0.02062(16) Uani 1 1 d . . . . .
W4 W 0.74638(6) -0.06368(5) 0.53358(3) 0.02128(16) Uani 1 1 d . . . . .
W5 W 0.53463(5) 0.18987(5) 0.56309(3) 0.02051(16) Uani 1 1 d . . . . .
W6 W 0.76743(6) 0.06730(5) 0.73169(3) 0.02186(16) Uani 1 1 d . . . . .
W7 W 0.76699(6) -0.10796(5) 0.64767(3) 0.02215(16) Uani 1 1 d . . . . .
W8 W 0.96623(5) 0.07303(5) 0.54184(3) 0.01916(15) Uani 1 1 d . . . . .
W9 W 0.97161(6) 0.23742(5) 0.61659(3) 0.02055(16) Uani 1 1 d . . . . .
W10 W 0.55510(5) 0.14718(5) 0.68638(3) 0.02135(16) Uani 1 1 d . . . . .
W11 W 0.73482(6) 0.32009(5) 0.57203(3) 0.02192(16) Uani 1 1 d . . . . .
W12 W 0.76168(6) 0.27183(5) 0.69461(3) 0.02200(16) Uani 1 1 d . . . . .
P1 P 0.7566(3) 0.1072(2) 0.61197(14) 0.0089(7) Uani 1 1 d . . . . .
O39 O 1.0559(10) 0.3152(10) 0.6232(5) 0.031(3) Uani 1 1 d . . . . .
O1 O 1.0484(10) 0.0488(8) 0.5001(5) 0.023(3) Uani 1 1 d . . . . .
O2 O 0.7350(11) 0.1639(9) 0.4364(4) 0.028(3) Uani 1 1 d . . . . .
O3 O 0.7881(10) 0.1887(9) 0.7389(5) 0.027(3) Uani 1 1 d . . . . .
O4 O 1.0154(10) 0.1782(10) 0.5644(5) 0.030(3) Uani 1 1 d . . . . .
O5 O 0.7858(13) -0.2036(10) 0.6732(6) 0.038(4) Uani 1 1 d . . . . .
O6 O 0.7875(10) 0.0315(11) 0.7852(5) 0.031(3) Uani 1 1 d . . . . .
O7 O 0.5968(10) 0.3003(9) 0.5656(5) 0.026(3) Uani 1 1 d . . . . .
O8 O 0.5266(10) 0.0716(9) 0.5707(4) 0.023(3) Uani 1 1 d . . . . .
O9 O 0.7122(9) 0.0385(9) 0.5048(4) 0.021(3) Uani 1 1 d . . . . .
O10 O 0.7482(10) 0.2724(10) 0.5118(5) 0.032(3) Uani 1 1 d . . . . .
O11 O 1.0307(10) 0.1508(9) 0.6527(5) 0.024(3) Uani 1 1 d . . . . .
O12 O 0.7437(10) -0.0333(8) 0.6985(4) 0.021(3) Uani 1 1 d . . . . .
O13 O 1.0763(11) -0.0131(10) 0.6875(5) 0.030(3) Uani 1 1 d . . . . .
O14 O 0.7572(11) -0.1306(9) 0.4888(5) 0.027(3) Uani 1 1 d . . . . .
O15 O 0.8707(10) 0.2883(9) 0.5819(5) 0.025(3) Uani 1 1 d . . . . .
O16 O 0.4160(10) 0.2155(11) 0.5511(5) 0.034(4) Uani 1 1 d . . . . .
O17 O 1.0267(10) 0.0207(8) 0.5940(4) 0.021(3) Uani 1 1 d . U . . .
O18 O 0.7227(10) 0.3141(11) 0.6364(5) 0.031(3) Uani 1 1 d . . . . .
O19 O 0.4425(11) 0.1578(12) 0.7116(5) 0.037(4) Uani 1 1 d . . . . .
O20 O 0.5314(10) 0.1932(10) 0.6285(4) 0.026(3) Uani 1 1 d . . . . .
O21 O 0.8685(9) 0.1101(8) 0.6082(4) 0.019(3) Uani 1 1 d . . . . .
O22 O 0.7237(9) 0.1356(8) 0.6595(4) 0.018(3) Uani 1 1 d . . . . .
O23 O 0.8755(9) -0.0203(9) 0.5380(5) 0.024(3) Uani 1 1 d . . . . .
O24 O 0.7425(12) 0.4237(9) 0.5612(5) 0.033(3) Uani 1 1 d . . . . .
O25 O 0.6114(9) -0.0770(10) 0.5507(5) 0.026(3) Uani 1 1 d . . . . .
O26 O 0.5421(10) 0.0398(9) 0.6574(4) 0.025(3) Uani 1 1 d . . . . .
O27 O 0.8937(10) -0.0592(10) 0.6459(5) 0.028(3) Uani 1 1 d . . . . .
O28 O 0.8960(10) 0.0646(9) 0.7051(4) 0.021(3) Uani 1 1 d . . . . .
O29 O 0.6242(10) 0.2468(10) 0.7043(5) 0.027(3) Uani 1 1 d . . . . .
O30 O 0.7800(11) 0.3580(11) 0.7260(5) 0.034(4) Uani 1 1 d . . . . .
O31 O 0.6266(9) -0.1102(9) 0.6395(4) 0.022(3) Uani 1 1 d . . . . .
O32 O 0.6309(9) 0.0904(9) 0.7337(4) 0.022(3) Uani 1 1 d . . . . .
O33 O 0.7777(10) -0.1355(9) 0.5850(5) 0.027(3) Uani 1 1 d . . . . .
O34 O 0.8674(9) 0.1353(10) 0.5106(5) 0.026(3) Uani 1 1 d . . . . .
O35 O 0.7110(9) 0.1672(9) 0.5766(4) 0.020(3) Uani 1 1 d . . . . .
O36 O 0.5947(10) 0.1740(9) 0.5053(5) 0.024(3) Uani 1 1 d . . . . .
O37 O 0.4379(10) -0.0806(10) 0.6043(5) 0.030(3) Uani 1 1 d . . . . .
O38 O 0.7207(9) 0.0158(9) 0.6027(5) 0.022(3) Uani 1 1 d . . . . .
O40 O 0.8889(9) 0.2558(9) 0.6679(5) 0.022(3) Uani 1 1 d . . . . .
N2B N 0.7395(12) 0.5171(12) 0.3743(5) 0.026(4) Uani 1 1 d . . . . .
O1A O 0.7807(12) 0.6343(11) 0.7703(6) 0.040(4) Uani 1 1 d . . . . .
O5C O 0.7435(15) -0.1652(14) 0.8422(6) 0.060(6) Uani 1 1 d . . . . .
H5CA H 0.764107 -0.203685 0.858495 0.090 Uiso 1 1 calc R U . . .
O1B O 0.6854(12) 0.6511(10) 0.3713(5) 0.032(3) Uani 1 1 d . . . . .
O1C O 0.3437(13) -0.0533(12) 0.7072(6) 0.043(4) Uani 1 1 d . . . . .
N3A N 0.9159(14) 0.6554(12) 0.7275(6) 0.030(4) Uani 1 1 d . . . . .
O4C O 0.5968(15) -0.1111(15) 0.7774(7) 0.059(6) Uani 1 1 d . . . . .
N3B N 0.7060(13) 0.5931(11) 0.4415(6) 0.027(4) Uani 1 1 d . . . . .
O4A O 0.9920(13) 0.5470(11) 0.6860(6) 0.041(4) Uani 1 1 d . . . . .
N3C N 0.4749(17) -0.1423(13) 0.7250(6) 0.039(5) Uani 1 1 d . . . . .
O3B O 0.4445(12) 0.7236(13) 0.5213(7) 0.052(5) Uani 1 1 d . . . . .
H3BA H 0.431229 0.715768 0.548332 0.077 Uiso 1 1 calc R U . . .
N2C N 0.3428(16) -0.1917(14) 0.6814(8) 0.044(5) Uani 1 1 d . . . . .
O2A O 0.7799(17) 0.5071(12) 0.6535(6) 0.056(5) Uani 1 1 d . . . . .
H2AA H 0.741039 0.496635 0.674229 0.084 Uiso 1 1 calc R U . . .
C1A C 0.8456(17) 0.6800(14) 0.7584(7) 0.029(5) Uani 1 1 d . . . . .
C2B C 0.7628(15) 0.4463(16) 0.3977(8) 0.036(5) Uani 1 1 d . . . . .
N1B N 0.7865(15) 0.3816(13) 0.3740(8) 0.042(5) Uani 1 1 d . . . . .
H1B1 H 0.800458 0.338512 0.392465 0.063 Uiso 1 1 calc R U . . .
H1B2 H 0.736405 0.367509 0.355818 0.063 Uiso 1 1 calc R U . . .
H1B3 H 0.839221 0.393801 0.357024 0.063 Uiso 1 1 calc R U . . .
O3C O 0.5190(19) 0.0328(14) 0.8584(8) 0.070(7) Uani 1 1 d . . . . .
C4B C 0.7340(16) 0.5229(14) 0.4660(8) 0.032(5) Uani 1 1 d . . . . .
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W3 O10 W11 127.9(7) . . ?
W9 O11 W1 124.8(7) . . ?
W6 O12 W7 152.2(7) . . ?
W9 O15 W11 152.2(8) . . ?
W8 O17 W1 125.2(7) . . ?
W11 O18 W12 152.1(9) . . ?
W10 O20 W5 152.9(9) . . ?
P1 O21 W8 126.5(7) . . ?
P1 O21 W1 125.5(7) . . ?
W8 O21 W1 90.1(4) . . ?
P1 O21 W9 125.7(8) . . ?
W8 O21 W9 88.1(4) . . ?
W1 O21 W9 89.1(4) . . ?
P1 O22 W10 126.4(7) . . ?
P1 O22 W12 125.6(7) . . ?
W10 O22 W12 89.7(4) . . ?
P1 O22 W6 125.9(7) . . ?
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P1 O35 W5 126.3(7) . . ?
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P1 O35 W11 126.5(7) . . ?
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C4B N3B C1B 120(2) . . ?
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C1C N3C C5C 113(2) . . ?
C4C N3C C5C 124(2) . . ?
C2C N2C C1C 124(2) . . ?
O1A C1A N3A 122(2) . . ?
O1A C1A N2A 124(2) . . ?
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N1B C2B C3B 126(2) . . ?
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O2B C6B C5B 107(2) . . ?
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O4B C8B C9B 107(2) . . ?
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C3A C4A N3A 121(3) . . ?
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O2A C6A C7A 107.8(19) . . ?
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O3B C7B C6B 115(2) . . ?
C8B C7B C6B 100.7(19) . . ?
O4B C5B N3B 106(2) . . ?
O4B C5B C6B 107(2) . . ?
N3B C5B C6B 114(2) . . ?
loop_
_geom_bond_atom_site_label_1
_geom_bond_atom_site_label_2
_geom_bond_distance
_geom_bond_site_symmetry_2
_geom_bond_publ_flag
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